شيخ مرتضى در سلسلهء حوادثى كه در سال 1323 ق ، رخ داد ، و مقدمه‌اى براى صدور فرمان مشروطه در سال بعد شد ، با روحانيان معترض و مشروطه خواه همراه و هم صدا بود . در ماجراى تخريب ساختمان بانك استقراضى روس ، در رمضان 1323 ق ، از برانگيزندگان مردم بود . در شوال 1324 ق ، پس از حادثهء مسجدشاه ، وى و ديگر روحانيان ناراضى تهران ، به پيشنهاد سيد محمد طباطبايى ، به شهررى مهاجرت كردند و در حرم حضرت عبدالعظيم عليه السلام متحصن شدند . همراهى شيخ مرتضى با مهاجران ، عين الدوله ، صدر اعظم وقت را ، بر آن داشت كه با كمك ميرزا ابوالقاسم امام جمعه و شيخ فضل اللَّه نورى ، توليت مدرسهء خان مروى و امامت مسجد خازن الملك را از تصدى آشتيانى خارج كند . به فرمان شاه ، توليت مدرسه را به حاج ميرزا ابوالقاسم ، امام جمعهء تهران ، سپردند ؛ و به توصيه شيخ فضل اللَّه نورى ، امامت مسجد مذكور را به ملامحمدآملى واگذار كردند . يكى از خواسته‌هاى متحصنان ، بازگرداندن توليت مدرسهء خان مروى ، به شيخ مرتضى آشتيانى بود . پس از آن كه مظفرالدين شاه خواسته‌هاى مهاجران را پذيرفت ، آنان به تهران بازگشتند و شاه درملاقات با آنان ، قرار خويش را مؤكد ساخت . چون عين الدوله از برآوردن تقاضاى مهاجران ، به ويژه تأسيس عدالت خانه ، طفره مىرفت ، مجمعى از رهبرانِ روحانى و آزادى خواهان ، و از جمله آشتيانى ، تشكيل گرديد ، تا هم آهنگى لازم براى پيش برد بهتر برنامه‌ها ايجاد شود . حاج شيخ مرتضى ، يك بار نيز به نمايندگى از روحانيان معترض ، با صدراعظم ، ملاقات و گفت‌وگو كرد ، اما توافقى ميانشان حاصل نگرديد . در جمادى الاولى 1324 ق ، علماى تهران ، از جمله آشتيانى ، به نشانهء اعتراض به برآورده نشدن خواسته‌هايشان به قم مهاجرت كردند . پس از استقرار حكومت مشروطه ، او فعاليت سياسى چندانى نداشت . در دوران استبداد صغير ، از نظام مشروطه پشتيبانى كرد و در پاسخ مقلدان خود درباهء